Para os presbiterianos, o Acordo firmado entre a República Federativa do Brasil e a Santa Sé, em 13 de novembro de 2008, atenta contra a laicidade do Estado e cerceia a liberdade religiosa, ao manifestar “preferência e conceder privilégios” a uma instituição religiosa.

Afirma que o Vaticano é um Estado teocrático, fato que compromete acordos sobre assuntos referentes à fé, por atentarem contra o princípio da separação entre Estado e Igreja, conquistado pela nação.
 
O Acordo legitima a noção teológica de tratar-se do “cristianismo verdadeiro”, do qual a Igreja Católica ela se julga “exclusiva detentora”, citando a Declaração Dominus Iesus.

O documento da IPB observa que “por ser o Vaticano um Estado, não pode impor ao Estado brasileiro a aceitação de sua religião” e nem exigir “privilégios e vantagens diferenciadas” que, por constarem na redação, tornam o Acordo inconstitucional e o impedem “de prosperar num Estado democrático de direito”, pois fere o princípio constitucional da isonomia.
 
Acrescenta ainda que a expressão “O ensino religioso, católico e de outras confissões religiosas” é discriminatório, pois a Constituição da República preceitua: “O ensino religioso, de matrícula facultativa, constituirá disciplina dos horários normais das escolas públicas de ensino fundamental”.

Essa discriminação não é atenuada pela Lei Geral das Religiões – Projeto de Lei n.º 5.598/2009 e o PLS 160/2009 – aprovado pela Câmara Federal e pelo Senado, já que ele é “mero espelho do Acordo, incorre nos mesmos equívocos de inconstitucionalidade e desprezo à laicidade do Estado brasileiro, estendendo as pretensões da Igreja Católica Apostólica Romana a todos os demais credos religiosos”.
 
Por essas razões, a IPB se manifesta contra a aprovação do referido Acordo e de qualquer norma legal que privilegie uma religião ou denominação religiosa, em detrimento de outras, e que desconsidere a cidadania dos brasileiros que são ateus e agnósticos.